En rebel fra Iowa, der forsøger at kæmpe sig ud af sin fars skygge, og en mand af blandet blod, der forsøger at finde sin egen identitet. Og en hævngerrig romulansk kaptajn, der har sat sig for at ændre historiens gang og udslette både Jorden og planeten Vulcan. Det er ingredienserne i denne genfortælling af det legendariske Star Trek-univers, der starter helt forfra med historien om den unge James T. Kirk og den unge Spock, der mødes på Stjerneflåde-akademiet som fjender – eller i hvert fald som diametrale modsætninger – men som på grund af truslen fra Kaptajn Nero bliver nødt til at arbejde sammen og opdage, at de bringer det bedste frem i hinanden. En nødsituation tvinger Stjerneflåden til at sende deres nyeste rumskib, U.S.S. Enterprise, til Vulcan bemandet hovedsagelig med kadetter fra akademiet. Da alting synes at gå galt, er der ikke tid til at følge bogen, og det er op til de unge officerer – Uhura, Solo, Chekov, lægen McCoy og maskinmesteren Scotty – at følge Kirk og Spock i en række improvisationer, der fører dem til udkanten af det kendte univers og tilbage igen for at afværge den dødbringende trussel mod Enterprise og mod Jorden.