Føderationsrumskibet U.S.S. Voyager beordres af stjerneflåden ud på en mission for at lede efter en gruppe forsvundne rebeller. Under eftersøgningen bliver Voyager transporteret til en fjern del af galaksen af et rumvæsen kaldet \"The Caretaker\". Det viser sig hurtigt at de forsvundne rebeller har lidt samme skæbne som besætningen på Voyager, og begge skibe er nu havnet et ukendt sted i galaksen. Efter en konflikt hvor rebellernes skib bliver destrueret, bliver den eneste hurtige genvej tilbage til jorden ødelagt og begge besætninger er nu strandet ca. 70.000 lysår fra jorden. Sammen må de tage den lange og besværlige rejse tilbage til jorden, en rejse der ved maksimal hastighed vil tage en hel menneskealder.