Mysteriet om, hvem der myrdede homecoming-queen Laura Palmer fra Twin Peaks, fortsætter, men nu er det FBI-agent Dale Cooper, der efterforskes. Han er blevet suspenderet fra FBI på grund af en uautoriseret razzia på kasinoet One-Eyed Jacks. Men på trods heraf opsnuser Cooper nogle spor, der kan føre til afsløringen af, hvem der skød ham. Og med assistance fra sherif Harry S. Truman forsøger Cooper at finde ud af, hvad der gemmer sig bag Black Lodge... et foretagende, der fremkommer med uhyggelige afsløringer, netop som byen forbereder sig på den festlige "Miss Twin Peaks"-konkurrence.