I "Men in Black 3" vender agenterne J og K endelig tilbage... i tiden! Gennem de sidste 15 år har J efterhånden set flere utrolige ting end de fleste i forbindelse med sit arbejde for MIB, men selv ikke de mange aliens har forvirret ham så meget, som hans sky og indesluttede partner, K. Så da en morder fra fortiden bringer både K's liv - og menneskehedens overlevelse - i fare, rejser agent J tilbage til 1969 for at redde sin makker og resten af verden, når han nu alligevel er i gang. Her møder han den unge agent K, og så får han endelig indblik i et par af de hemmeligheder, som vor tids K aldrig har fortalt ham...